Το ΚΔΕΟΔ διοικείται από εξαμελές Συμβούλιο, το οποίο αποτελείται από τον Πρόεδρο, τον Διευθυντή, και τον Γραμματέα με συμβουλευτική ψήφο, από έναν εκπρόσωπο του Εμπορικού και Βιομηχανικού Επιμελητηρίου Θεσσαλονίκης, από έναν εκπρόσωπο του Δικηγορικού Συλλόγου Θεσσαλονίκης και από έναν εκπρόσωπο του Υπουργείου Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών. Το Συμβούλιο διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών.
Από τον Νοέμβριο του 2022 η σύνθεση του Διοικητικού Συμβουλίου έχει ως εξής:
| Πρόεδρος του Δ.Σ: | Βασίλειος Σκουρής, Ομότιμος Καθηγητής της Νομικής Σχολής του Α.Π.Θ. Πρώην Πρόεδρος του Δικαστηρίου της Ευρωπαϊκής Ένωσης |
| Διευθύντρια: | Χριστίνα Δεληγιάννη-Δημητράκου, Ομότιμη Καθηγήτρια Συγκριτικού Δικαίου της Νομικής Σχολής του Α.Π.Θ. |
| Γραμματέας: | Βιργινία Τζώρτζη, Επίκουρη Καθηγήτρια της Νομικής Σχολής του Δ.Π.Θ |
| Μέλη: | Ιωάννης Μωραϊτίδης, μέλος του ΔΣ του Εμπορικού και Βιομηχανικού Επιμελητηρίου Θεσσαλονίκης, ως εκπρόσωπος του Ε.Β.Ε.Θ.
Δημήτριος Φινοκαλιώτης, Πρόεδρος του Δικηγορικού Συλλόγου Θεσσαλονίκης, ως εκπρόσωπος του Δ.Σ.Θ. Ροζάννα Σεμερτζιάν, ως εκπρόσωπος του Υπουργείου Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών |
Διατελέσαντες Πρόεδροι του ΚΔΕΟΔ
- Φωκίων Φραντζεσκάκης: 1978 – 1981
- Δημήτριος Ευρυγένης: 1981 – 1984
- Αργύρης Φατούρος: 1984 – 1990
- Κρατερός Ιωάννου: 1990 – 1997
- Βασίλειος Σκουρής: 1997 – έως σήμερα
Διατελέσαντες Διευθυντές του ΚΔΕΟΔ
- Αθανάσιος Καΐσης: 2005 – 2007
- Ευαγγελία Κουτούπα: 2007 – 2011
- Βασίλειος Χριστιανός: 2011 – 2018
- Χριστίνα Δεληγιάννη-Δημητράκου 2018 έως σήμερα